Đội dự bị của Zenit được biết tới với cái tên FC Zenit-2 St. Peterburg và FC Zenit-d St. Peterburg (Giải hạng ba Nga từ 1994-1997). Một đội khác cũng được thành lập với cá tên FC Lokomotiv-Zenit-2 St. Peterburg chơi cùng FC Zenit-2 St. Peterburg ở giải hạng 2 từ năm 2001 đến 2008.Vào năm 2008 không có bất cứ một sự liên quan nào giữa đội bóng này và FC Zenit. Một đội bóng làng khác tên FC Smena-Zenit St. Peterburg có lần đầu tiên dự giải hạng 2 Nga vào năm 2009, đổi tên từ F Zenit-2.